A no właśnie ma. Google może zaindeksować twoją stronę www.strona.pl oraz strona.pl także trzeba uważać.
Cały ten temat jest o stosowaniu w takim przypadku przekierowania 301 - także to oczywista sprawa. To czy wybierze się wersję z www czy bez nie ma żadnego znaczenia, o ile ustawi się przekierowanie z wersji nie wybranej.